Uçtan uca şifreleme (end-to-end encryption), mesajın gönderenin cihazında şifrelenip yalnızca alıcının cihazında çözülmesidir. Aradaki sunucular — WhatsApp'ın kendisi dahil — içeriği okuyamaz; ellerindeki şey anlamsız bir şifreli bloktur.
WhatsApp, Signal ve iMessage varsayılan olarak E2EE kullanır. Tartışmanın merkezindedir: hükümetler suç soruşturmaları için "arka kapı" isterken, kriptografi camiası bir arka kapının herkes için açık kapı olduğunu savunur. "Şifreli" her hizmet E2EE değildir — sunucuda şifrelenen veriyi hizmet sağlayıcı okuyabilir; kritik ayrım budur.